本所原名「臺南市南區戶政事務所」,因戶所整併,於一零六年七月三日戶所正式更名為「臺南市府南戶政事務所」。
本區位於本市西南端,東以大同路與東區及台南市仁德區相接,西邊臨台灣海峽,北以健康路一、二段、西門路一段、永華路分別與中西區為鄰,南以二仁溪為市界,隔望高雄市湖內區及茄萣區。土地面積:28.0383平方公里。
民國卅四年本省光復,本區係以日據末期之昭和區,清濱區及灣裡區合併而成,全區劃分為卅四里三七五鄰。後因人口逐漸增加,至民國六十五年為卅八個里。民國六十八年安平港築成,漁光里因處於安平港之北岸,乃劃歸安平區管轄。
民國七十一年四月區里行政區域重新劃分,將聖前、南郊、大南、五妃、昆沙、小西、仙草、石橋﹝部份﹞大成﹝部份﹞等里調整改隸中區,原屬東區之新生、大林、大忠、大恩等四里劃隸本區。
民國九十一年二月里行政區域再度調整,合併清泉、龍崗為鯤鯓里, 松山、南山為松安里,中和、覺醒、海豐為永寧里,南都調整為南都、南華二里,民國九十五年二月里行政區域再度將興中里併入明德里,共計三十九里,八四五鄰。
民國一百零七年「臺南市里鄰編組及調整案」二階段實施後,共計三十七里,六二四鄰(107年1月29日起荔宅里、大成里整併為大成里、107年4月30日起白雪里、日新里整併為鹽埕里)。
現有里別:竹溪里、南華里、明德里、大成里(含原荔宅里)、廣州里、新昌里、新興里、田寮里、國宅里、鹽埕里(由日新里、白雪里合併)、光明里、明亮里、喜東里、喜北里、喜南里、省躬里、興農里、同安里、佛壇里、大林里、大忠里、大恩里、新生里、再興里、明興里、文華里、金華里、南都里、開南里、彰南里、建南里、郡南里、府南里、文南里、鯤鯓里、松安里、永寧里。